Si dices que conectando el lector al ide2 no te lo reconoce, conectalo al ide1 configurándolo como esclavo junto al disco duro (en el mismo cable).
En lo que dices que si con el cd de win98 te basta, no lo sé porque puede que la placa no tenga habilitada el arranque desde cd (puede que aun no tuviera la opción, un pentium75 que tenía no disponía de ello)
Si tienes suerte, está habilitado el arranque desde cd.
Si tienes un poco menos, la tienes que habilitar desde la bios.
Si tienes aun menos, tendrás que conseguir un disquette de arranque de win98 que te venga con drivers atapi.
Lo dicho es cuestión de suerte
Salu2