Soy ojojojoy!!

En primer lugar saludar a toda la gente del foro ya que es mi primer mensaje!Espero que aprenda mucho!
Bueno al grano:
Tengo un pentium III a 1 Ghz de Beep al cual le he metido un disco duro S-ATA de 200 Gb con 768 mb de ram.También tiene otro disco ATA de 20 Gb.Después de varios problemas con el ordenador últimamente me han recomendado formatear el ordenador.Lo formateé pero el ordenador me pide el fichero NTLDR al arrancar.Si tengo metido el cd de XP el ordenador lo coge de ahí pero no es plan de hacerlo así.
Y me han comentado que todo el tema es porque en la tienda a la que lo llevé me hicieron particiones con el partition magic desde MS-DOS con los discos de arranque del partition.
Pues bien, mi duda es como decirle al ordenador que arranque con tal o cual partición?Poner la partición en la que estan los programas como primarias y todas las demás como lógicas?No afecta en nada a las demás particiones?
Antes de poner esto bien debería borrar las particiones de ese disco y luego volver a hacerlas?