No borres los archivos. Guardalos y compara la hora de creación, si es un copmañero de trabajo la hora te podria servir...
Con la orden NETSTAT -AN y mucha paciencia creo que se podria hacer una suposicion de la ubicacion del intruso... pero mejor no pierdas tiempo y
escanea y destruye. 
Seguramente vas por router, piensa si alguien ha estado en tu casa y ha estado "cerca" del router... Si despues de pasar el sistema por un antivirus y el problema no ha sido resuelto, formatea. Si un "amiogo te ha pasado algun archivo infectado y lo abres despues del formateo, probablemente volveras a estar vulnerable.