¿Cada vez que abres una aplicación....o más bien quieres decir cada vez que intentar abrir un fichero determinado?
Probablemente se te hayan desconfigurado las asociaciones, si usas Windows XP o 2000 deberías intentar ejecutar una "Restauración del Sistema" mediante la herramienta que lleva el mismo nombre.
Después, para descartar acciones de virus, lee:
Procedimientos para utilizar antivirus
Cuéntanos las novedades.
Saludos.