Te va a resultar muy dificil poder recuperar información de los ficheros con extensión .chk ya que basicamente son ilegibles.
Generalmente cuando el windows empieza a perder carpetas, bien por problemas de disco duro o de lectura del mismo, crea una serie de carpetas llamadas dir00 ordenadas numericamente desde el uno hasta el número que quiera.
Ahi en tal caso es donde se podrían haber perdido tus datos. Te sugiero que hagas un scandisk a tu disco duro e intentes reinstalar tu sistema operativo actualizándolo para que no pierdas tus configuraciones y tu programas.
Un saludo
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